2012年11月27日 星期二

Domain Motif

1. Motif 是多個二級結構形成重複性的結構單位。

是多個二級結構所呈現規律性的結構單位,
此單位可能重複的出現於同一蛋白質中,
或見於多種不同的蛋白質中者,
便可稱為一種特定的 motif。

在motif的層次上,主要是強調結構的概念而不是功能,
因此多種不同的蛋白質,也可能具有相同名字的motif。

課本 (Campbell 5th) 將motif視為重複性超二級結構
(repetitive supersecondary structure)。

註:supersecondary structure  Link
超二級結構是介於蛋白質二級結構和三級結構之間的空間結構,
指相鄰的二級結構單元組合在一起,彼此相互作用,排列形成規則的、
在空間結構上能夠辨認的二級結構組合體,並充當三級結構的構件
(block building),其基本形式有αα、βαβ和βββ等。 多數情況下只
有非極性殘基側鏈參與這些相互作用,而親水側鏈多在分子的外表面。




2. Domain 蛋白質中『局部的』立體結構所呈現獨立的功能單位。
例如:酵素分子中可能具有
a. catalytic domain 主要表現活性的立體位置;
b. regulatory domain 主要表現調節的區域。

domain 是指蛋白質中『局部的』三級結構,
比較強調的是功能單位,因此多半是以『功能』做為稱呼domain的名字。

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